Обращаюсь за советом и помощью. Ситуация. Перед бухгалтером стояла задача выровнить в транзакции F-44 начисление подоходного налога в БЕ филиала (свернуть ОДТ счета "НФДЛ" с ОКТ счета "НДФЛ", таким образом, чтобы в БЕ филиала остался нулевой остаток). Однако, была использована транзакция z_fi_firepdolj (могу ошибиться в названии, знаю что, это аналог транзакции FB05 - проводка с автоматическим выравниванием). Тем самым возникла ошибка: задвоение оборотов по Дт и Кт счета 79. Как быть? Что делать?

Поскольку операция, которая была выполнена, начинается на Z*, это означает, что это Ваша местная разработка. Что в ней делается - кроме разработчика никто не знает.
FB05 - проводка с выравниванием. Как ее модифицировал Ваш разработчик - лучше узнать у самого разработчика (он же программист, АВАРер)

Если у вас только задвоились обороты, но сальдо при этом верное, тогда ничего делать с этим не нужно. Единственное, нужно разобраться как работает ваша Z* программа и исправть в ней то, что она делает неверно.
Если сальдо неверное, нужно провести отмену выравнивания со сторнированием документов (тр FBRA, если, конечно, вы не используете еще какого-нибудь аналога). Далее исправить поблемы с вашей транзакцией и провести документы снова.
А вообще лучше убедить заказчика использовать стандартные транзакции. Это и надежнее, и спокойнее для всех