Гм...тогда даже не знаю. Видимо где-то настройки все-таки отличаются.
Опишите тогда все настройки которые делали в разделении.

Может быть в настройке обрабатываемой позиции 05100 проблема. БО 1010.
У меня:
1. Галка учесть код налога стоит.
2. Тип обработки = 1.

Нет, у меня такая же настройка.

Можно решить эту проблему так:
1. В классификации счетов разделения ГГК заменить для НДС по входящим авансами тип 5100 на тип 1000 "Счет наличия".
2. В FI-проводках для НДС по входящим авансам указывать нерелевантную контировку, например, с видом финансовой позиции 50.
3. Остальные настройки оставить как у Вас сейчас сделано, чтобы в обновлении создавалась одна строка с типом значения 61.
В этом случае при обновлении входящего аванса у Вас создается одна строка (61), содержащая полную сумму документа, включая НДС, дополнительных позиций по НДС не форимруется.