Как избавиться от дублей?
Нет ли транзакции для автоматического объединения двух задублированных Кредиторов/Дебиторов в одного (например, ООО "Ромашка" и "Ромашка" ООО)? Если вручную, то кто как делает перенос операций?

Такой транзакции нет. Содрудник, который занимается ведением основных записей кредиторов/дебиторов должен, используя несколько вариантов поиска постараться отискать контрагента и только убедившись в том, что его нет в системе создать новую основную запись. (Занудное занятие) РЕШЕНИЕ: Можно написать отчёт который будет выявлять одинаковые ОЗ. Например, если это в России, то по ИНН.

В системе Галактика есть такое объединение. Но и там пользоваться надо ооочень аккуратно. Могут легко "поехать" отчеты. В системе SAP такого нет. Можно установить метки блокирования или удаления. Перенести задолженность с одного на другого. Можно заархивировать (физически удалить запись) только если не было по дебиторам никаких движений. И по кредиторам. Но кредиторов мне удавалось удалить только если не было у них ни одного закупочного ракурса открыто.

Лучше сделать проверку ИНН при создании дебитора/кредитора на совпадение с уже существующими. А еще правильней проверять связку ИНН и КПП.
По уже имеющимся дублям, как уже сказали, перенос с выравниванием и блокирование.

А вы попробуйте во всех во всех таблицах поменять один код на другой, а потом нам расскажите, что получилось. Думаю, тоже должно получиться