Вопрос в следующем:
есть ли какой то оптимальный алгоритм перекодировки выплат прототипов?
Например
Диапазон кодов для видов оплат:
1ХХХ – Основные выплаты
2ХХХ – Премии
3ХХХ – Прочие начисления
4ХХХ – Прочие удержания
5ХХХ – Оплата пособий ФСС
6ХХХ – Доплаты, надбавки
7ХХХ – Оплата повременных видов
8ХХХ – Оплата отпусков
9ХХХ – Удержания
95ХХ – Технические виды оплаты

ИЛИ

лучше те виды которые есть, перекодировать по типу 0ХХХ.

И как в дальнейшем это отразиться на расчете региональных доплат с буквой "R"

Вопрос в том - есть ли северные и районные. Есть есть - то однозначно трехсимвольная кодировка для основных ВО.
Мне больше всего нра след принцип:
0ххх - обычные ВО
1ххх - РК
2ххх - СН
9ххх - Корректировочные ВО

Еще бывает потребность в отдельных диапазонах по ЕНВД, например.

наверное можно в 1 символе еще разделить в/о на которые изначально не предполагается начисления РК, СН и так продолжить вашу кодировку:
3XXX - пособия ФСС по среднему
4XXX - отпуска и прочие средние
...
8XXX - удержания.

Интересно, будут ли тут косяки .

а если есть районные...просто есть смысл создавать районные на все выплаты????...
просто в правиле RU77 операцию WGTYP можно настроить по маске и он будет искать в принципе любые районные..в смысле с любой кодировкой...