L написал(а):
1) Может ли быть оплата без выравниваниями, например через fb01?
в принципе можно, вопрос в том какие функциональности используете (например если активирован FI-FM, то необходимо в случае отсутствия выравнивания на инвойс, надо настраивать константы) и чего хотите от этой оплаты получить, помимо факта самой проводки (например, если это постоплата, то без выравнивания на инвойс, будут висеть открытые задолженности, что отразиться в отчетах по кредиторке/дебиторке, и реклассе при закрытии периода и т.д.)
L написал(а):
2) Обязательно ли аванс проводится с буквой А , можно ли считать ошибкой если без буквы или через другую транзакцию?
под "буквой А" Вы видимо имеете ввиду код ОГК - буква может быть любой и даже цифра

, главное чтобы тип кода ОГК был авансовый
L написал(а):
3) Документ выравнивания только отдельным документом или может быть документ отгрузки с выравниваниями
Вы имеется ввиду отгузку или инвойс? в отгрузке нет позиций по контрагенту или Вы хотите выравнивать основные неконтрольные счета?