Почему в отчете PC00_M99_DKON есть балансовая единица, но нигде в настройках для проводки выбора БЕ нет? Получается, вид оплаты автоматически идет на все существующие БЕ ?

В wpbp, с0 и с1 зато есть

И как это поможет настроить проводки общего для всех вида оплаты только на заданную БЕ ?
Самим абапить?

У вас задача какая стоит. В 1ИТ у работника есть БЕ, привязанная к разделу персонала.
Если вам нужно один ВО на ДРУГУЮ БЕ относить - то это можно через альт.контировку (С1) сделать в любом из ИТ14,15,267,2010

У нас несколько БЕ, Допустим, 1, 2 и 3.
Вид оплаты рождается во всех БЕ, а проводить его нужно только для БЕ = 2.

разбейте его PPMOD'ом по группировкам, а для его симв счетов используйте T52EK-momag

Да, на счет momag я упустила из виду. Спасибо большое, попробуем.