Загрузка выполняется через транзакцию FF_5, формат файла выписки - MultiCash
При загрузке исходящего платежа система находит номер кредитора,
а при загрузке входящего - нет.

Может стартовых нулей не хватает в номере кредитора (если он цифровой, конечно)?

Самого номера кредитора в MultiCash нет, есть БИК банка и номер банковского счета
Насколько я понимаю по ним система находит номер счета в LFA1