Каким образом ВЫ реализовывали бизнес-процесс "аренда земли от муниципалитетов"? Ставка НДС=0. Счет-фактура оформляется арендатором в соответствии с установленным порядком с пометкой "Без НДС". В том налоговом периоде, в котором арендная плата за землю перечислена, указанный счет-фактура регистрируется в книге продаж и в книге покупок.
При составлении налоговой декларации по НДС следует руководствоваться п. 31 Порядка ее заполнения (утв. приказом Минфина России от 07.11.2006 № 136н), в соответствии с которым операции, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения), отражаются в декларации в Разделе 7.

Хм... ну, мы, конечно, землю у муниципалитетов не арендовали. Но только - в чем проблема? Коды налогов для книги покупок-продаж настраиваются в группах PUR и SAL... Секция 7 декларации настраивается в группах DN0-DN2. А там уже развлекаешься, как захочеттся. Вроде, работает...