Подскажите, где в R/3 лежат корреспондирующие счета бюджетного учета.

Вы сами поняли, что сказали?

Мне требуется вытянуть в BW переменные данные (дебет,кредит) по расчетам с контрагентами в разрезе счета бюджетного учета, контрагента и корреспондирующего счета бюджетного учета. Таким образом, вопрос заключается в том, где прописываются к счетам учета корреспондирующие счета.

Что в Вашем понятии "счет бюджетного учета" ?

Код бюджетного учета - код, состоящий из кода вида деятельности, основного счета и КОСГУ.
Для решения проблемы можно отталкиваться от основного счета (поле "Номер счета" - RACCT).