Убил больше часа времени, не могу найти где настраиваются ссылочный канал, сектор, и СбОрг. (именно ссылочные, не общие). Может кто с ходу вспомнит. Заранее спасибо.

По-моему вы путаете с закупками где есть ссылочная закупочная организация

Нет, не путаю. Во первых в хэлпе про это написано, во вторых когда-то я это настраивал.

А процесс какой настроить хотите?

сбыт->продажа->торговые документы->заголовок торгового документа->присвоение рынка сбыта видам торговых документов