Просто два календарных года - это довольно просто. Увеличить период релеватности до 36 месяцев и подкрутить правило релевантности.
Ходила информация, что эти два года нужно брать с учетом работы в других организациях. То есть, если сотрудник устроился на работу полгода назад, то средний нужно высчитывать не только по нашей организации, но и с учетом дохода у предыдущего работодателя.
Если это так, что этот доход нужно куда-то внести и учесть в расчете

Вновь принятый сотрудник вероятно должен принести справку о доходах по правилам ФСС (месяц - отработаное время - сумма). В свою очередь, увольняющимся нужно такую справку дать.