Добрый день,
подскажите, пожалуйста, каким образом система определяет поле ЕИ тарифа.
Например, в транзакции KP26 ЕИ тарифа, то 100, то 1000. Каким образом это определяется системой? Почему сначала посчитали тариф, ЕИ, например, 100, а после второго перерасчета, например, 1000? Это где-то настраивается?

ЕИ тарифа никак не настраивается.
Определяется системой автоматически, чтобы соблюсти максимальную точность хранения.
Дело в том, что в системе хранится только 2 знака после запятой для тарифа.
С помощью ЕИ регулируется точность хранения.

Если у вас получается тариф 2.345678, то он сохраняется как 23456.78 за 10000 ед.
Если получается 2.567, то это будет 25.67 за 10 единиц, а может 256.7 за 100 - не уверен как

Посмотрите транзакцию OKET, документацию к полю "КоличествоПозиций".
Там также есть галочка "Без оптимизации". Если ее включить, то тариф всегда будет сохраняться за 1 ед. работ,
соответственно, всегда получите округление до 2 знаков.