При использовании фм HR_INFOTYPE_OPERATION не пишется информация в ИТ0003
для записей в прошедшие периоды
Подскажите, в чем дело

Дело в матчасти. Посмотрите времянную привязку ИТ0003.

более точно вопрос --
фм HR_INFOTYPE_OPERATION не пишет в ИТ0003, когда фм используется для записи в ИТ отличные от ИТ0003
В чем причина ?

Для ИТ0003 не может быть прошлых периодов. Там всегда ровно одна запись.

Насколько я понял вопрос автора, проблема в том, что не устанавливается дата обратного расчета в той самой единственной записи ИТ3.
alex_dorin, я правильно понял вопрос?

calm - да, если begda для ИТ2010 принадлежит "прошлому" периоду

В настройках ИТ2010 указано, что этот ИТ релевантен для расчета зарплаты?