При выравнивании документов в SE38 J_3RCREV документы из J_3RCREV исчезают, из FBL1N исчезают, а из J3RFPURB - нет . Как сделать так, чтобы они исчезали и в книге покупок ?

есть подозрение что они не исчезают т.к. BKPF-STBLG не заполняется при сторно MM, и выравнивание тут не помогает.
возможно есть ноты на эту тему, если нету - стоит выставить сообщение..

А могут помочь какие-нибудь настройки в SPRO, например, в подготовке автоматического выравнивания ?

В новом EhP6 обещают нормальное сторно в FI для документов из соседних модулей.
В EhP5 вроде должна быть опция "Не показывать документы сторно".