Подскажите, пожалуйста, как можно сделать верхние индексы (по сути, нужны только квадраты и кубы) в PDF-формуляре?

На вкладке Font в параметре "Aa" надо подобрать положительное значение смещения и уменьшить шрифт.

Если у Вас юникод, то проще прямо в формуляр передавать значения полей, заполненных как м² и м³ ... в принципе мы прямо в Т006А так и храним теперь.