каким образом в транзакции vkp5 выбор той или иной "последовательности определения ЗЦ" влияет на выбор нужной схемы калькуляции?
где можно это настроить в SPRO в разделе "общая логистика" ?

На выбор какой именно схемы калькуляции?
Например на ту, что в самой VKP5 - не влияет.

Во-обще VKP5 работает просто - оно по некоторым правилам генерирует записи условий (для условия VKP0 например)... в принципе никто не запрещает генерировать указанные записи каким- то другим образом (во внешней системе, вручную = также когда нет IS Retail и т.д.)

Если всё-таки VKP5 используется то его логика такая --- взяли закуп.цену, добавили надбавки-скидки и получили сбытовую цену (которую и сохранили в условие VKP0). Сама последовательность шагов --- что сначала закуп.цена, а потом надбавка, а потом итог /что именно в такой последоватльности/ --- это отдельная схема калькуляции (привязывается к орг.уровню).

Упомянутая же вами 'последовательности определения ЗЦ' - это та логика, которая скажет как брать закупочную цену, первый элемент в указанной выше схеме калькуляции для VKP5 (там 1-7 стандартных способа + возможность их комбинировать) и, отдельно но идея схожа, как брать сбытовую надбавку-скидку. Например, для закупочной цены некоторые их этих способов (1-7) используют отдельную свою схему калькуляции, некоторые не используют (фактически каждый способ это выбор одного из стандартных предопределенных способов).

PS.