Провел фактуру и платеж, выравнял в режиме ЧАСТИЧНЫЙ ПЛАТЕЖ. При запуске F110 в предложение платежей попадают позиции фактуры (-1000) м платежа (100), а не остаток (-900).

Странно, предложение платежей работает только для выравнивания в режиме С ПОЗИЦИЕЙ ОСТАТКА?

У вас проблемы с выравниванием. Программа платежей работает по открытым позициям и не видит выровненных.

Так я не понял это проблема выравнивания?
Или все таки программа платежей не работает с частично выравненными фактурами?

Потому как у нас подобная проблема и не могу понять как же ее решить.

Посмотрите ОП кредитора. Все что вы видите можно оплатить черезю F110 + коды ОГК для ОПдолжны быть указаны в способе платежа

Как известно, частично выровненные позиции например кредитора отображаются как открытые в FBL1N, и программа платежей оплачивает их на всю сумму без учета частичного платежа, это означает, что фактура может быть оплачена дважды - один раз частично и один раз полностю в F110. Кто-нибудь знает решение данной проблемы???

Кому это известно? Мне - нет

Согласен. У меня счет-фактура оплачивается через F110 с учетом частичных выравниваний.

Коллеги, вы что-то тут панику развели!
Программа F110 отлично работает и с позициями, выровненными методом частичного платежа, и с позициями, выровненными методом с позицией остатка.
И никаких проблем с ней нет.
Если у вас что-то работает неправильно, значит это проблема настроек.
По существу вопроса:

-1000+100 = -900
Оплата у вас пройдет на нужную вам сумму.
Программа платежей анализирует открытую позицию (1000), видит, что она частично выровнена (100), поэтому в предложении по платежам отражает обе позиции, но оплата пройдет именно на 900.

Подскажите, что стоит проверить в ситуации, когда частичный платеж постоянно попадает в исключение? При этом, если его не включить в предложение платежа вручную, при апп с проводкой формируется платеж на всю сумму фактуры и выравнивает ее. Всегда считал, что настройка учесть ссылку на счет фактуру не должна была допустить подобного выравнивания.