настроили цикл перерасчета работ на производственные заказы. и бывает такая ситуация, что на заказ сумма приходит с минусом, т.е. МВЗ дебетуется, а заказ кредитуется.

может ли это быть связано с тем, что изначально САП не разрешает делать косвенные перерасчеты на ПП-заказы?

изначально SAP не разрешает это делать в связи с большим количеством объектов, а минусовые суммы - могут возникать по причине минусовых баз распределения, посмотрите в настройках сегмента, там должен быть пункт обработки такой ситуации...