скорее всего проблема в схеме строк проводок, которая прикреплена к вашему виду движения

Вообще-то при списании объекта с полным износом должны выполниться проводки по первоначальной стоимости и по накопленной амортизации. А в некоторых системах даже есть понятие движения с нулевой стоимостью, т.е. списание только количества. Так что у вас что-то не то делается.

... он не может сделать финансовую проводку. Соотвественно и в ANEK, наверное, из-за этого количество не пишет. Но возникает другая проблема, при сторнировании выбытия в ANLA количество так и остается 0.

Да, если фин.документ системой не создается (это происходит, когда сумма проводки нулевая), то в ANEK-MENGE пишется ноль, даже если в карточке на момент списания присутствовало кол-во. При этом после списания в карточке кол-во списывается. Т.е. после такого списание по ANEK никакого движения кол-ва не происходит, а по карточке - происходит.
После сторнирования такого списания, в сторнирующем документе ANEK-MENGE тоже равен нулю и в карточке количество не восстанавливается.
В общем, небольшая проблема со списанием без формирования фин.документа есть. В этой ситуации можно заставить систему двигать количество в ANEK через BADI_FIAA_DOCLINES.
Но если вы в вашем случае научите систему формировать фин.документ (схему строк проводок проверите и поправите), то и количество будет нормально двигаться.