Возникла проблема при автоматическом создании документа спецрегистров при проводке сбытового документа.

Перенос поля ПФМ для таблицы ZCORPORATET настроен на прямую из ACCIT_GLX-FISTL, однако ПФМ в ACCIT_GLX-FISTL определен только у 90го счета, соответственно ACCIT_GLX-FISTL не пустое только для 1 позиции.
Для FI документа написано ПО, которое транслирует ПФМ во все позиции бух документа.

Возможно ли как то проще проставить ПФМ во все позиции документа спецрегистров?

Да.
В FI-SL есть функциональность: Фактическая проводка -> Параметры настройки для интеграции с модулями Учета и отчетности -> Разделение документа
Это аналог разделения документов для Новой Гибкой Главной Книги (настройки одинаковы).
Соответсвенно, подключаете это функционал к регистру (в настройке регистра кнопка "Процедура распределения") и при записи в регистр документ будет записываться по аналогии с записью документа в НГГК. То есть будет работать наследование контировок и сплиттинг.
У меня настроено, и если я провожу из сбыта фактуру в которой у разных позиций разные Бизнес-сферы, то документ сплитуется в FI-SL. Если контировка БСф одинаковая по позициям, то она просто наследуется по позициям. То есть БСф есть во всех позициях документа FI-SL.
Для ПФМ, будет аналогично...

Понял, но сначала мне надо провести реорганизацию моего регистра, иначе он не даст присвоить процедуру распределения.

Удалить данные, включить разделение, накатить данные из FI.