Написал пользовательскую программу для замещения, но видимо, что то не так:

FORM u759 USING bool_data TYPE gb002_015.

DATA: lv_aufnr TYPE aufnr,
lv_prctr TYPE prctr.
CHECK bkpf-blart = 'AS' and SYST-TCODE = 'FB01'.

LOOP AT bool_data-bseg INTO bseg
WHERE ( hkont(2) = '91' and aufnr IS NOT INITIAL ).
MOVE bseg-aufnr TO lv_aufnr.
ENDLOOP.

SELECT prctr
INTO lv_prctr
FROM aufk
WHERE aufnr = lv_aufnr.
ENDSELECT.
*/ замещение ПФМ
LOOP AT bool_data-bseg INTO bseg
WHERE ( hkont(2) = '62'
and fistl IS INITIAL ).
bseg-fistl = lv_prctr.
MODIFY TABLE bool_data-bseg FROM bseg TRANSPORTING fistl.
ENDLOOP.
CLEAR: lv_prctr , lv_aufnr.

ENDFORM.

Значение в bseg-fistl попадает верное, но при проводке BSEG-FISTl пустое. Почему?

В таблице GB01 (ракурс VWTYGB01) для поля bseg-fistl и класса 15 убрано "исключить"?

Да, для класса 15 и типа B для таблицы BSEG-* убрано "Исключить".

Если замещение на этапе документа целиком, можно попробовать на отдельной позиции сделать.

Да, замещение на уровне "документа целиком".
То есть данный этап прописать к позиции документа а не к документу в целом?

Думаю, на втором моменте не получится. Если позицию 62* счета введут до позиции 91*, то что вы будете замещать на втором моменте (позиция документа) в 62* счете?
Пробуйте на третьем моменте, только проверьте таб. GB01.

Если галку недавно снимали, то сделайте RGUGBR00. Иногда случается тупняк и структура с полями, доступными для замещения, не обновляется сама. В этом случае четко видно по отладке, что нужное поле имело значение, но потом попросту затирается.