Полностью согласен с Calm в этом вопросе.
Протокол настроек чаще всего представляет собой перечень таблиц, а так же описание схем, правил, Z функций и операций и т.д..
Все зависит от подхода конкретного заказчика к наполнению протокола настройки (т.е. описания настроек).
Вы для начала поймите с чего все начинается и чем все заканчивается. Нарисуйте как минимум оглавление.
Для справки: оглавление можно нарисовать по пунктам spro практически полностью
Начинаете с праздников, календаря праздничных дней, производственного календаря - описываете какие праздники, где настраиваются, какие бывают календари, какие в них входят праздники и т.д..
Далее графики: какие бывают, где настраиваются и т.д...
Ну а заканчивается все формированием видов времени, видов оплаты и табелем Т-13, так как в этом и смысл оценки времени в понимании системы (виды времени и виды оплаты) и в понимании бизнеса (табель Т-13). Последнее это первичка для расчет заработной платы.
Далее я думаю разберётесь
Удачи!