Красное сторно в контроле счетов настраивается видом документа - твой пост: "В настройке вида фактуры G2 заполните поле Красное сторно значением B, тогда все проводки будут с красным сторно
но не забудьте в виде фактуры S2 убрать очистить это поле".
Только здесь я использую вид фактуры RE.

Не забудь, что SD формирует две проводки: при отгрузке и фактуре. Настройка в RE сделает тебе сторно фактуры. Красное сторно отгрузки надо настраивать в MM-FI, о чем тебе и написали.

Я же написал выше, что достаточно настроить соответствующий вид движения, который используется при возврате, и ПМ проводится красным сторно.

А где ты галку "сторно" нашел? СторноПМ/НесмНаСч?

В настройке самого вида движения в разделе Внутренне управление поставить галку "Сторнирующий ВДМ"