При структурировании проекта, если СПП создали как-то неправильно, а потом удалили, то не дает создать СПП с таким же номером, что не очень удобно. Как с этим бороться?

Пишет
"СПП-элемент ИП-0067/001.001 с версией FREI_VERSION уже существует."

http://sapboard.ru/forum/viewtopic.php?t=9545
смотри сюда

Смысл в том, что в версии 4.6. нет объекта СПП для удаления \ архивирования, есть только проект \ сетеовой график.
Т.о. , как советовали в вышеупомянутом топике, нужно затереть пару строк в таблицах, где храняться данные об удаленных объектах спп.

Спасибо

Посмотри ноту 160884, кажется в тему.