Если кому не трудно - разъясните какие документы отбирает эта прога и как считает НДС, потому как сверка по отдельным позициям на 19-м счете дает совсем другой результат. Какие типы документов рассматривает программа? Она НДС считает заново? Расхождение , замечу , не в копейки а побольше.

Сверять нужно оборот не по 19-му счету, т.к. это отложенный НДС,
а по 68-му счету.

А программа эта заполняет таблицу UMSV в детализации: код НДС, сумма, код дебета/кредита.

Сверил по 68-му - разница за месяц около 7500р. И по Д/К позиции отфильтровал и по типам документов.
Вопрос остаётся открытым.

Для сверки используй отчет S_ALR_87012357

Возьмите сальдо по 68 счетам, сгруппируйте его по кодам налога, сверьте полученные данные с данными отчета RFUMSV00. Бывает так, что в проводке указывают не правильный код НДС например: в позиции 68 укажут код начисленного НДС, или наоборот в позиции 76 или 19 укажут код оплаченного НДС (это возможно в проводка выполненных вручную, без использования программ J_3RFUM25, J_3RFUM26).

Для сверки также рекомедуется использовать Книги покупок (транз. J3RFPURB) и продаж (транз. J3RFSELB).
Они для того и нужны.

Разобрался - расхождение связано с проводками сторно.
Только теперь такой вопрос - проблему сторно фиксит нота 335539, я вот только не пойму - она действует только на сторно платежей или на любое сторно? Кто-нибудь ставил эту ноту?

Ставил, помогает.