для одного дебитора есть данные в двух БЕ.
можно ли часть задолженности перенести на другую БЕ? что-то вроде "уступки обязательств"

Если коротко, то можно:))) Весь вопрос в том, как. Можно например так (если не разрешена проводка между двумя БЕ): Создаете Дебитора_БЕ2 в БЕ1 (с которой хотите списать). Делаете в БЕ1 проводку Дебитор_Должник - Дебитор_БЕ 2. Далее в БЕ2 делаете проводку Дебитор_БЕ1 - Дебитор_Должник (их, ест-но также нужно создать).

между двумя БЕ проводки делать можно, а есть ли какой-нибудь способ без создания дополнительных дебиторов?

Если можно делать проводки между двумя БЕ и есть данные обоих дебиторов другой БЕ, то всё просто
через fb01
01 Дебитор БЕ 1
11 Дебитор тот же БЕ 2

В результате сформируется межбалансовая првоодка (при условии что настроены автоматические межбалансовые проводки)