С сообщениями все просто. после того как сработало сообщение, дабл-клик на нем, там в подробных данных появляется кнопка запуска ПО.
Соответственно по ней можно его стартануть.
Т.к. у вас в сообщении есть номер счета-фактуры (переменная), она передается в ваш ПО. там формируете из этого номера инстанцию БО и запускаете нужную задачу.

а из-за чего может быть такая фигня: в sbwp постятся сразу 2 сообщения.. первое пустое второе содержит номер сохраненной фактуры?
такое ощущение тк я указал с потоке свое событие для запуска и еще генерю событие FM то их 2... как быть здесь?

попробуйте в тр. SWIA посмотреть, какие потоки запускаются, там и в журнал можно провалиться.

реально 2 раза запускается один поток одновременно

ух, вроде разобрался... были параметры возврата.. кот еще по мимо модуля событие генерили