Возмодно ли настроить проводку скажем по движению XYZ поступление материала и чтобы автоматом проходил контроль счетов (Контрагент всегда один и тот же). Этого же касается и Отпуск материала и авт. деблокирование фактуры.?

Что касается поступлений. Если речь идет о ПМ к заказу на поставку, то почему бы не использовать процедуру автоматической оплаты поступившего материала, благо, она активируется по конкретному кредитору?
Что касается отпусков. Если используется сбыт (а судя по вопросу - используется), то, по моему, в настройке вида сбытовой фактуры можно установить индикатор автоматического деблокирования фактуры для бух.учета. Более детально должен знать SD.