Вышла такая ошибка : Введенный склад релевантен СУС.
Подскажите что делать?

Начинать лучше формулировать вопрос.
Потому что не понятно, что ты хочешь сделать.
Ты делаешь проводку на склад?

Извиняюсь, сейчас исправлюсь.
Осуществляю Поступление Материала на склад.

склад настроен на СУС

почитай справку по сообщению по своему. Там, в частности, будет написано, что
" <...>For this storage location, the physical inventory should not be carried out in Inventory Management.

Procedure
Use Warehouse Management functions to perform the physical inventory for this storage location. To do this, call the Warehouse Mangement menu."

сообщение желтое? я честно говоря в СУС не дока, но перенос по крайней мере там делается через свои транзакции - LQ02 по-моему.

Я думал мне здесь какую нибудь транзакцию подскажут, с помощью которой можно решить проблему. Или последовательность действии, для устранения этого сообщения и спокойного поступления материала на склад.

spro-структура предприятия - присвоение - оперативная логистика - присвоение "номер склада" - предприятие, склад.

Убрать в этой настройке присвоение склада номеру склада.
Только сначала лучше найти того, кто эту настройку сделал и спросить, не обидится ли он