Не могу найти в настройках почему удалённые позиции заявки участвуют при утверждении заявки(утверждение целиком) и потом ещё тянутся в заказ на поставку.

Хотя бы предупреждение появляется типа : Заявка X позиция Y уже удалены. № сообщения 06050 ?

Да, сообщение есть, № сообщения 06 050, сделали уже красным, но надо чтоб они вообще не тянулись из заявки. Похоже что userexit придётся делать.