Дебитору выставлен счет фактура в прошлом (закрытом) периоде. Впоследствии оказалось, что проведен документ с ошибками.
Нужно сформировать корректировочную счет-фактуру с минусовой суммой. Каким образом это лучше сделать? корректно ли потом этот счет фактура отразится в Книге?

Делаете сторно в следующем периоде... и ваша фактура попадет в доплист..

Нужно полностью сторнировать весь проведенный с ошибками документ? А можно ли просто сформировать и предоставить дебитору "уточнаяющий" счет-фактуру с минусовой суммой?

Формирую корректирующую фактуру с минусовой суммой:
в позиции дебитора и позиции выручки ставлю признак "красное сторно", выбираю код налога и позиции НДС формируются как обычные проводки без сторно... Как настроить, чтобы налоговые позиции также формировались с минусом? Или счета НДС новые создавать и ручками туда прописывать суммы?

Для этого лучше создать кредитовое авизо дебитору. Там можно проставить код НДС и проводки пройдут и по дебитору и по НДС корректировочные.