Не могу понять почему так:
делаю ОМ к заказу на перемещение 01.03.08 на 1 шт.
делаю ОМ к заказу на перемещение 02.03.08 на 1 шт.
делаю ПМ к заказу на перемещение 01.03.08 на 2 шт. - ОК, без ошибок!

Второй вопрос, который имеет место собственно после разрешения первого: как мне отследить, к какому именно документу ОМ было произведено ПМ? Настройки может какие-нибудь нужны, или для этого нужно поставки за уши притягивать... Что скажете??

А если более абстрактно задачу поставить, то получится так:
как выстроить документы из истории к заказу на поставку (EKBE) в порядке их следования, например, как это сделано в сбытовом потоке документов (VBFA)? Понятное дело, по дате создания ничего не выйдет...

По первому вопросы: система не контролирует отрицательные запасы внутри месяца.
Например, на начало месяца запас ноль, потом 10-го поступление 1 штука.
Так вот, эту одну штуку система даст списать либым числом месяца, например 1-м.

если отпуск делать через исходящую поставку, и соответственно ПМ опять же со ссылкой на нее, то связь прозрачно отслеживается

а если есть партии - то можно попробовать еще поиграть с настройками стратегии выбора партий при отпуске