Есть инфо-набор в количестве одна штука. Делаем по нему SAP Query из инфо-типов 0001, 0002, 0023 (прежний работодатель). Делаем аналогичный (один в один) отчет в Оперативном запросе по этим же полям. В Оперзапросе выводятся корректно все сотрудники, независимо, есть у них 23 ИТ или его нет. В SAP Query выводятся только те, у кого есть ИТ 23. В исходнике сгенерированной программы SAP Query жестко прописано if p0023 is initial. reject. endif.

Как быть?

Проверьте, что вы в обоих случаях работаете в одной и той же рабочей области (стандартной или глобальной).

И точно ли инфо-набор одни и тот же? Вы это как определили?

В обоих случаях стандартная область. Инфо-набор определял по тому, что в SQ01 выбираю отчет SAP Query и на нем нажимаю кнопку "ЗапрИнфНаб". Соответственно, перечень инфо-типов в инфо0наборе тот же.

группу пользователей проверьте!

Все одинаковое.

Одинаковый перечень инфотипов не гарантирует, что инфонабор один и тот же.
Можно наделать много инфонаборов с одинаковыми инфотипами. При этом их поведение может существенно личаться за счет:
1. дополнительных критериев выбора (очень похоже, что это ваш случай)
2. дополнительным ABAPом в разделе "Кодир" (тоже может дать описанный вами эффект)
3 Использованием ключей $

Попробуй сделать трасировку полномочий.

Я оперзапрос делаю на основании того же отчета и инфо-набора, те же параметры выбора и пр

Попробуйте сами сделать инфо-набор из ит0001, 0002, 0290 и проверить для примера.

все выполняется с SAP_ALL, структурные полномочия на все объекты.

Не очень понял, что такое "оперзапрос на основании того же отчета".
Оперативный запрос это транзакция PAAH, т.е. в итоге вызывается отчет sap_query_ad_hoc, так? В paah использует инфо-набор /SAPQUERY/HR_ADM. О нем идет речь?
Или вы используете для PAAH параметры AQ*?

Если в SQ01 выбрать свой запрос SAP Query, а потом нажать кнопку Запрос к инфонабору, то система по умолчанию возьмет все настройки этого запроса (критерии выбора, столбцы вывода) и создат оперативный запрос с такими же настройками.