Приобретаем материал и сажаем его весь в подотчет на МОЛ по счету запаса. Затем пеперносим с МОЛ на другие МОЛ по тому же счету. В этом случае не формируется бухгалтерская проводка. Можно ли настроить чтобы перенос материала был не на счете запаса, а на счет расчеты с подотчетными лицами и при этом формировалась проводка в FI?

Можно, настроить вид движения на нужный счет.
Правда, в данном случае, как часто бывает, это контрольный счет, поэтому обычно списывается на 94й, а потом выставляется подотчету через FI.

если у вас ведется учет по партиям, то можно прежде чем выполнять перемещение создать новую партию с другим классом оценки. Затем выполнить перемещение с одной партии на другую с необходимым классом оценки и соответственно необходимым счетом. Но для создания новой партии с новым класcом оценки придется писать Z разработку на транзакцию MSC1N.