Имеется регулируемое расходом (по точке заказа) ППМ по складам.
При прогоне ППМ создаются потребности как на складах, так и на заводе, но на заводе запас должен быть = 0, т.к. с завода материал не списывается.

Как это?

Что "как"?

Почему потребность для завода не должна создаваться? По-умолчанию ППМ работает по всем складам заводу, если не созданы области планирования для складов..

Уточню задумку - материалы отпускаются в производство из разных цехов-складов, поэтому планируются потребности на уровне склада.
Но при выполнении прогона ППМ система создаёт заявки для складов, допустим - 3 склада, на каждом по 100 кг, и дополнительно 100 кг для завода. Так эти 100 кг с "завода" никуда никогда не спишутся, посему не нужны.

Используйте ППМ по областям планирования.