Есть одно, но! Заявки созданные автоматически из других модулей, например ТОРО будут удалены только при удалении заказов торо их породивших. Из ММ их ни какими силами удалить нельзя, без нарушения целостности структуры данных.
А так SARA Вам в руки и вперед.

Архивируйте через SARA на внешний файл, а потом удаляйте. Может вылезти дамп из-за нехватки памяти( если будете удалять скопом), тогда обратитесь к базиснику, он должен знать как решать эту проблему.
Только заявку удалить не получится напрямую, если были по ней заказ, поставка и т.д. Надо будет удалять все документы в обратной последовательности от конечного, иначе другие документы будут висеть с заголовками "???????????". И удалить такие документы уже не сможете .. придется откатывать систему.