Обозначилась следующая проблема:
Одна и та же сумма через разные заказы на поставку была списана на один и тот же производственный заказ.
В одном случае использовалась "безнаменкладтурная" закупка, которая в момент поступления материала сразу списывалась через 32* счет (как услуга) на производственный заказ. Во второй раз была закуплена услуга, и отнесены затраты на тот же самый производственный заказ через ведомость учета работ услуг так же через 32* счет.

В итоге на заказ пришла дважды одна и та же сумма. Производственный заказ уже закрыт (сторно уже не получится), у нас работает регистр (приоткрыть заказ нельзя, он рассчитался). Как вариант осталось только выпустить сумму с СПП элемента.

Для материала понятно каким образом можно это сделать, просто с СПП выпускается материал с суммой, потом он списывается, система запрашивает номер ОЗМ и этот наменклатурник кладет на склад. Но как быть, когда закупка безнаменклатурная, т.е. реально на склад положить нечего.

Как выпустит сумму с СПП?

А безноменклатурная закупка и не должна у Вас попадать на склад, т.к. если заказ на поставку был контированный, то проводка получилась Кт15- Дт32*.
Вам нужно с СПП сделать проводку Кт32*-Дт15* с красным сторно.