Причина в причине сторно, которую указывает пользователь в vf11.
ракурс V_J_3RFREGCUSREV.

У нас в транзакции vf11 система не выводит поле "Причина сторно" для заполнения. Пользователь указывает только номер сторнируемой СФ и ее дату. В рассматриваемом ошибочном случае дата сторно СФ равна дате исходной СФ. В заголовке бухгалтерского документа сторно СФ поле "Причина сторно" не заполнено.

в fi есть бади, которая позволяет управлять попаданием в журнал. в эту сторону еще можно копнуть.
в целом же, дебаг и/или файщики в помощь - на стороне сбыта настроек по вашему случаю нет.

Вполне возможно не сделаны все необходимые настройки. там их уйма. смотрите соответствующие ноты (поиск по J_3RF_REGINV). Но сначала выявите взаимосвязь между документами, которые сторнирутся, но не помечаются.
Еще, там есть проверка полномочий при записи в журнал, если проблемы у одного и того же пользователя - может быть в этом дело.
Еще, как выше писали, есть badi, класс J_3R_REGINV_INTF. Может быть там что-то.

Спасибо, будем смотреть.

ФМ J_3RF_PM_ADD_REGINV, он в стандарте рулит занесением счетов-фактур из логистики и сбыта в журнал. Уточните у FIщика, используется ли такой фм у вас на проекте, или дописан свой, проверять нужно присвоение ФМ для события 1050.

Как отменить регистрацию в журнале? после того, как поставлена отметка о регистрации, изменения в первоначальном документе (напр, в доп текстах) не попадают в книгу покупок