Открытые месяцы проводки - октябрь и ноябрь. Однако, по ошибке бухгалтера не все счета-фактуры за сентябрь были заведены. Подскажите, пожалуйста, что делать?

Проводить открытыми периодами.

Нет, конечно кто-то может быть и предложит вам откатить период назад, а потом после проводок вернуть его обратно. Но моё мнение на этот счёт - думать об этом забудте! Тем более на дворе конец ноября.

Может попробовать провести СФ в FI, можно попробовать сентябрем.
Но тут нужно понимать, что конроль счетов логистики этого не увидит.