Добрый день!
Транзакция FBL1N, "Список отдельных позиций кредиторов",
выбираем опцию "открытые позиции" и что мы видим?
выводится почему то 2 документа, один RE, второй VL, который должен был закрыть первый, итоговая сумма 0, НО ПОЧЕМУ ОБА ЭТИХ ДОКУМЕНТА СЧИТАЮТСЯ ОТКРЫТЫМИ и выводятся в отчет?

Дык, все и выводятся, ибо список отдельных позиций ... Дебиторские/кредиторские позиции не "закрываются", а "выравниваются". Другое дело, выравнены они или нет ...

Хорошо, а почему тогда в f-44, выравнивании кредитора, почему-то вылазит в списке открытых позиций вылазит эта VL а KR нет? Почему вообще она считается открытой позицией?

про KR выше ничего не говорилось вроде... Проверте, кстати, чтоб стояла галочка учесть ссылку на счет-фактуру

Наверное, надо объяснить ситуацию поподробнее.
Итак, по кредитору есть:
RE
VL,
сальдо ушло в 0.
FBL1N их как раз и выводит.
Но в выравнивании счета кредитора f-44 выводится только vl, а kr нет.
К чему бы это?
И заодно, где это есть такая галочка "Учесть ссылку на счет-фактуру"

Да что за KR?!?!
А галочка ставится через fb00 - ОткрытПозиции. Заодно проверьте, какие варианты структур строк для выравнивания у Вас стоят....

Да, за KR извиняюсь, спешил когда набирал и мозг за руками не поспевал:-). Речь, естественно, об RE.
Галочка в fb00 стоит.
А по поводу вариантов структур строк - как их проверить?.
Извиняюсь за может быть тупые вопросы, просто специалист по FI я еще тот, и информацию собирать приходится по крохам.

если в отчете FBL1N обе эти позиции открытые (с "красным" индикатором), а в F-44 одна из них не видна, то может быть на нее создано платежное поручение и она в каком-то прогоне платежей (F110)?

А как проверить?

посмотрите в док-те RE в позиции нет ли фразы: "Создано платежное поручение"

Да, действительно, в документе указано "создано платежное поручение".
А означает ли это, что выравнивать нужно только vl?

это означает, что кто-то сделал платежку на этот документ, прежде всего определитесь, правильно ли это...