А что бухгалтерия будет делать, если в приходном будет одна сумма НДС, а в СчФ другая?

Может быть увязать НДС в Приходном ордере на фактуру? Если поставка не отфактурирована, то соответственно получаем незаполненую форму. Я так понимаю, что и приходник этот распечатывать не правильно, пока входящий счет-фактура не введен.

Я когда-то такое делал: завязывались на автоматический выбор кода налога в документе закупки.
Кроме того, нужно учесть настройки кода налога (точнее - операции, присвоенной коду налогу): включается ли он в сумму проводки или нет.
Дорабатываете форму и все.

Забивают на это, как правило. Типа, "отклонения".

Наши забивают аналогично

Кроме того, они наверное хотят видеть сумму включая ТЗР, у ТЗР процентная ставка налога может отличаться от ставки ТМЦ. А код налога по ТЗР, стандартом не вводится. Если и вводится, то через условия цены. А если при вводе ЗнП снабженец ошибся, а если ошибки из-за округления, а если ещё незапланированные ТЗР... Не слишком ли много допущений?
А раз бухгартерия забивает на неправильную сумму, то не проще ли вообще в приходном сумму с НДС не рассчитывать?

Унифицированная форма складского ордера М-4 содержит колонки "Цена", "Сумма без учета НДС", "Сумма НДС", "Всего с учетом НДС". Аналогичные колонки есть в накладной от поставщика.

Бухгалтерия обоснованно требует:
а) все поля унифицированной формы должны быть заполнены
б) приходный ордер должен полностью соответствовать приходной накладной

Для расчета и вывода НДС в М-4 предусмотрен BAdi J_3R_M4_BADI (см. ноту 1237379).

Но постоянно возникают проблемы округления копеек, если поставщик применяет обратный расчет НДС. Пришлось открыть для редактирования сумму и стоимость условий в кальуляции закупочного заказа, чтобы операторы могли исправлять копейки в соответствии с накладной.

Не решенной остается проблемма частичных поставок по одной позиции заказа на поставку, копейки всё равно пляшут.
Кроме того, копейки поправленные в заказе на поставку, опять приходится править при вводе фактуры.

Заставить всех поставщиков применять только прямой расчет НДС, возможности нет