Подскажите, пожалуйста, какие могут быть последствия от добавления нового поля в BSEG?

Добавляли ... Последствий вроде не было...

А зачем Вы хотите добавить новое поле?

Хотим туда прописывать номер договора (он будет выбираться из справочника).

Можно воспользоваться для этих целей полем "Присвоение" (ZUONR)
Оно есть в позициях кредиторов/дебиторов и осн.счетов.

см. по теме

http://sapboard.ru/forum/viewtopic.php?t=14472
и
http://sapboard.ru/forum/viewtopic.php?t=22768

Имхо есть уж номер договора писать ни к чему не привязанный - то лучше в ZUONR. Но с дисциплиной его аккуратного заполнения у пользователей скорей всего будут проблемы...

А если "привязанный" к Дебиторам/Кредиторам - то использовать VBEL2 и EBELN соответственно.
Тогда можно с логистикой и сбытом сквозную связь поддерживать в FI.

А так - поле-то Вы добавите - а как его заполнять будете ? из документов логистики и сбыта ? (если они внедряются, конечно )
Чтоб привязать туда пользовательскую Z-таблицу - Вам нужно будет переписать пол-САПа. Проще сразу повеситься (или на 1С перейти своё сбоку приписать, не разбираясь - мой любимый типично 1Сный подход )

А с VBEL2 и EBELN стандартные механизмы все работают...

а если договора только в рамках кредитов?

Добавлять поле в BSEG, а так же в некоторые другие таблицы необходимо специнструментарием, предназначенным для этого:
http://sapboard.ru/forum/viewtopic.php?t=34859
Далее создаешь свой SH и вешаешь на это поле. В зависимости от версии, все это можно сделать без модификации стандарта или с получением ключа на BSEG.
В результате получаешь сохраненное значение не только в BSEG, но и в других, важных с точки зрения САПа, таблицах.

Да, только насколько я знаю со вспомогательными книгами это не работает...

А в каких тран. Вы хотите его использовать?
Мы у себя, например, в кассе заполняли свободное поле, щас точно не скажу какое, а в замещении из него значение переносили в добавленное в BSEG.

в fb01 для кредиторов

В нашем случае, как раз это поле для контрольных счетов(дебиторы/кредиторы) и заполнялось. А для FB01 такие поля - просто родные. И насколько помню данное поле не появлялось только для счетов результата. Поищите по форуму - это обсуждалось.

Похоже, что Вы правы:
http://sapboard.ru/forum/viewtopic.php?t=16861
http://sapboard.ru/forum/viewtopic.php?t=3268
Тогда, как варианты:
1. Хорошо исследовать статусы полей, возможно удасться найти свободное поле.
2. Заполнять данное поле для неконтрольного счета, а в замещении затем переносить значение в остальные позиции. Лучший момент - документ полностью. Там находим заполненное данное поле и далее заполняем этим значением позиции, где оно пустое.

спасибо! попробуем второй вариант...